MCMC バックエンドは、ベイズ統計モデルを記述する高水準 API の裏で、Markov Chain Monte Carlo サンプリングを実行する計算エンジン層である。モデル定義 (frontend) と実行 (backend) の分離により、同じモデル記述から複数の実装を差し替えられる。 [[R]] の [[brms]] が、[[Stan]] を呼ぶ rstan・cmdstanr を「バックエンド」として差し替え可能にしたのが代表例である。コンパイル方式・サンプリング速度・依存関係の重さが選定の主な軸となる。